Озеро Баграшкёль асположено в у северного подножья хребта Куруктаг в Синьцзяне, что в 14 километрах от уездного города Карашар.
Последние геологические исследования показывают, что Карашарская впадина образовалась еще в период Тянь-Шань-Хайсиского тектонического движения. Что касается озера Баграшкёль, то озерная чаша образовалась на основе складчатости разлома поздний период мезозойской эры и последний этап третьего века.